Antes de que los ríos de flujo libre de la región fueron represados y desviados, cada año el derretimiento de nieve y la escorrentía de las tormentas se combinaron para crear grandes flujos que corrieron a través de cañones del río a través de las faldas de montaña y hacia fuera en el Valle Central hacia el delta de la Bahía. Esos gran flujos fríos limpiaron ríos de algas y sedimentos acumulados. El agua alta se extendió más allá de las riberas de los ríos, proporcionado hábitat de llanura aluvial esencial que a menudo persistió bastante tiempo para producir las condiciones ideales para salmones juveniles. Los flujos también previnieron la intrusión de agua salada en el delta.
A partir del siglo XIX, pequeñas represas comenzaron a retener una parte de esos flujos estacionales (tales como los flujos del río Merced superior a la izquierda). Como presas más grandes desviaron más agua, a menudo no hubo ningún flujo de “derrame” para limpiar ríos o producir hábitat fluvial. Los ríos Tuolumne, Stanislaus y Merced tenían presas construidas que control los caudales del río constantemente excepto durante los períodos de derrame cumbre. Demandas cada vez más grandes han sido colocadas en los ríos por los usos residenciales e industriales crecientes.
Pero ha sido la expansión asombrosa de la agricultura de regadío en el Valle Central, que literalmente ha vaciado los ríos a caudales tan bajos que sólo una pequeña fracción de los salmones y steelhead son capaces de devolver río arriba, en comparación con su número enorme original.
No es sólo la eliminación de agua de los ríos que disminuye la idoneidad de los ríos para la migración de salmones u otras especies acuáticas. Caudales bajos resultan en temperaturas de agua mucho más calientes, niveles más bajos de oxígeno y menor dilución de los contaminantes que fluyen en los ríos. El resultado total ha dejado los ríos Merced, Stanislaus, y Tuolumne significativamente degradados, sobre todo cuando la gran mayoría de los flujos del río son consumidos en años secos por demandas agrícolas.La Junta Estatal de Agua del estado de California tiene una obligación bajo la Ley de Agua Limpia y otros mandatos legales para mantener la calidad del agua, garantizar la supervivencia de salmones amenazados y mantener temperaturas frías de agua esenciales para especies acuáticas. Para hacer esto, la Junta de Agua ha propuesto un nuevo Plan de Flujo de Río que requeriría el 40% de los flujos naturales quedar en cada uno de los tres ríos locales, en vez del 20% que actualmente quedan en promedio después de que se cumplan con todas las demandas.
El Plan del Estado todavía permitiría el 60% de los flujos de los ríos a ser desviadas para la agricultura y otros usos, pero distritos de agua, políticos y intereses agrícolas indignados del Valle Central han montado una campaña emocionalmente cargada contra la propuesta del Estado para aumentar los caudales de los ríos. Durante muchos años, CSERC ha estado profundamente involucrado en la planificación de la gestión de río y negociaciones sobre niveles caudales. El personal de CSERC recomienda fuertemente que el Estado de Agua sigue con sus nuevos requisitos propuestos para los flujos de río — no importa cómo estridentemente los opositores presionan mientras intentan bloquear el plan.